Расположен на прежней воеводской части Тобольского кремля. Дворец Наместника построили в 1780-82-е годы на месте Приказной палаты (была построена Семеном Ремезовым в начале XVIII века). Трехэтажное здание Дворца Наместника стало самым крупным административным зданием города.
Однако уже через несколько лет после постройки – в 1788 году – вспыхнувший пожар оставил от роскошного дворца лишь стены. Руины Дворца стояли в таком виде вплоть до 1831 года, когда его, наконец, восстановили, но в несколько измененном виде.
Сейчас в Дворце Наместника – прекрасный музей истории Тобольска.