Свою собственную историю Музей истории Екатеринбурга начал в 4 июня 1940 года в качестве дома-музея Якова Свердлова, на базе «отпочковавшейся» от Уральского музея революции (был и такой когда-то, квартировался в Ипатьевском доме, главный экспонат – тот самый подвал, изрешечённый пулями) выставки о жизни и революционной деятельности «товарища Андрея» (именно под этим псевдонимом в своё время был известен Свердлов в нашем городе).
К этому моменту Екатеринбург уже больше 15 лет был Свердловском, так что появление отдельного музея Свердлова казалось вполне закономерным. Вот только показывать там было особо нечего: не так уж много общего было у Свердловска и Свердлова. Хотя, с другой стороны, именно здесь «черный менеджер революции» просидел два года в местной тюрьме и женился на дочери зажиточного екатеринбургского купца-раскольника Клаве Новгородцевой (двое детей и мемуары о знаменитом муже – таковы были плоды этого брака) — уникальный случай в истории, наверное, когда фамилию мужа присвоили не только жене, но и всему её родному городу! К убийству Царской семьи в подвале Ипатьевского дома Яков Свердлов тоже имел самое непосредственное отношение, хоть и находился на тот момент уже в Москве.
Первый раз Свердлов приехал в Екатеринбург осенью 1905 года – укреплять имеющиеся на Урале партогранизации и создавать новые. Укреплял, создавал («Боевой отряд народного вооружения» (БОНВ), ставший одной из самых преступных и кровавых организаций революции 1905-07 годов – его рук дело), убеждал и митинговал — впоследствии многие здания в городе украсились мемориальными табличками на тему «здесь был Яков». Но особенно отличился тогда дом №26 по Вознесенскому проспекту, в мезонине которого Свердловым была организована партийная школа агитаторов-пропагандистов (она же — рабочий университет) — этот дом и превратился потом в музей Свердлова, как «историческое здание времен подпольной работы».
Вплоть до 1957 года музей располагал лишь 19 вещевыми экспонатами, среди которых не было ни одного предмета, лично принадлежавшего Свердлову — такие появились в Доме-музее лишь спустя двадцать лет после его открытия. А до тех пор в качестве экспонатов демонстрировались картины и скульптуры, заказываемые местным художникам специально для музея. Именно тогда экспозиции обогатились ранними работами начинающего свердловского скульптора Эрнста Неизвестного — горельефом «Яков Михайлович Свердлов призывает уральцев к вооруженному восстанию» и скульптурной композицией «Первая встреча (Сталин знакомит Ленина со Свердловым)». В дополнение к такой «наглядной агитации» рано оводовевшая Клавдия Новгородцева (Свердлов умер при странных обстоятельствах в 1919 году, не дожив до 34 лет), вдохновлённая успехом изданной в конце тридцатых годов «Малахитовой шкатулки», выдвинула идею создания сказов «о жизни подпольщика»: «Следовало бы нам, Ученому Совету, попросить тов. Бажова, чтобы он написал сказы. Я не писатель, но чувствую, что выйдут замечательные сказы и нужно было бы нам тов. Бажова всячески на это дело настроить, не отходя от него, не терять времени. Бажов может создавать такие сказы, которыми будет зачитываться не Свердловск и Свердловская область, а весь Советский Союз». Тов. Бажов дипломатично уклонился.
К семидесятым годам музей Свердлова заматерел и похорошел: мрамор, стекло, ковровые дорожки; пионерские сборы, торжественные и тематические линейки, вручение комсомольских билетов. Девяностые внесли сумятицу и необходимость самоопределения — в период перестройки музей несколько раз менял название и направление работы: в 1991 году – «Музей истории общественно-политических движений Урала», в 1992-м – «Музей политической истории Урала» (именно тогда разобрали постоянную экспозицию по Свердлову – он для музея стал «одним из»), с 1995-го – «Музей истории Екатеринбурга». А история Екатеринбурга (историческое название было возвращено городу в 1991 году) гораздо богаче, чем история Свердловска!
В 2003 году музей закрылся на реконструкцию – и само здание музея, входящее в десятку самых старых зданий, нуждалось в ремонте, и новая концепция музея как визитной карточки Екатеринбурга требовала иной организации пространства. Перезагрузка прошла успешно – сегодня Музей истории Екатеринбурга, наверное, один из самых инновационный музеев города, предлагающий посетителям не только традиционные выставки и экскурсии, но ещё и интерактивные занятия для детей, food-экскурсии и даже музейную продлёнку для младшеклассников.